税务总局《关于增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的增值税专用发票进项税额抵扣问题的通知》(国税发[2003]17号)规定，防伪税控系统开具的增值税专用发票抵扣进项税也是有时限要求的。即增值税一般纳税人申请抵扣的防伪税控系统开具的增值税专用发票，必须自该增值税专用发票开具之日起90日内到税务机关认证，否则不予抵扣进项税额。认证通过的防伪税控系统开具的增值税专用发票，应在认证通过的当月按照增值税有关规定核算当期进项税额并申报抵扣，否则，不予抵扣进项税额。

一、该项政策的主要内涵

1、只要认证就可抵扣。不再执行旧政策(国税发[1995]015号)的申报抵扣时间，即工业企业货物验收入库后，商业企业付清货款后，才能申报抵扣进项税额;

2、必须自该增值税专用发票开具之日起90天内认证(注意：不是三个月)，并且超过90天的不予抵扣进项税;

3、必须在认证通过的当月申报抵扣，不得延期。

二、税企双赢的选择——超过90天抵扣期专用发票的处理

超过90天抵扣期的专用发票怎么办?难道只有企业受损这一条路吗?答案是否定的。了解税法的人都知道，增值税的征收环节是链条式的，在目前生产型增值税的模式下，只要不是《增值税暂行条例》规定的不得抵扣进项税额的以下几种情况，收到增值税票的企业认证后是可以抵扣的。

不得抵扣进项税额的情况包括：

1、购进固定资产;

2、用于非应税项目、免税项目、集体福利、个人消费、非正常损失的在产品、产成品所消耗的购进货物或应税劳务;

3、非正常损失的购进货物;

4、未按规定取得并保存增值税扣税凭证等税务局规定的其他情形。

如果此环节中企业属于可抵扣范围，却因错过了抵扣期限而未能抵扣，就会使该链条中断。同时加大了未抵税企业的进货成本，增加了企业的负担，降低了利润，从而对所得税的缴纳产生了影响。

过90天未认证的专用发票，可将发票联和抵扣联一起退还开票企业，由开票企业先以退回的发票为依据开具一张销项负数发票，并将受到的原发票联和抵扣联粘贴在红字专用发票联后面，然后立即开具一张同样内容的正数发票。

此办法，对开票方来讲，同样的数量和金额，一正一负，不影响当期的收入水平和销项税额;对接受方来讲，从收到新的专用发票开始又重新拥有了可以申请抵扣的权利，只要接收方掌握好90天的时间限制，在规定的期限内进行认证和抵扣，不仅可以节税，而且可以降低成本，是企业双赢的选择。

三、90天给企业的操作空间——未认证的专用发票进项税的处理

从税法上讲，认证了就要抵扣，这是新的”刚性政策”.如果当月认证当月抵扣，本月交不着增值税，并且总是负申报，税务局不同意，只好先不认证，等待以后各月再认证，但一定要把握好“度”——90天内。这是一个不小的操作空间，关键在于筹划。

从会计上出发，财务核算要求准确、及时、得当。不管是否认证，一发生了就得做账，不做的话，怎能体现会计的“及时性”原则;另外，当月的购进货物不入账，放到以后做，怎么进行成本核算，如果有的企业存货周转速度得快，未认证的发票存货实现了销售，如何体现会计上的“收入与成本配比”原则?